Häufig aber schwer zu greifen sind Nahrungsmittel-Unverträglichkeiten. Hierbei können bestimmte Nahrungsmittelbestandteile nur schwer von der Leber abgebaut werden. Die Folge ist eine veränderte Zusammensetzung der Gallenflüssigkeit, was wiederum die Verdauung schwächt. Zudem kann es zu Entzündungsreaktionen im Bauchraum und einer erhöhten Durchlässigkeit der Darmschleimhaut kommen. Die Betroffenen leiden oft unter Schmerzen und Verdauungsbeschwerden. Dabei ist es oft schwer, das bzw. die problematischen Nahrungsmittel zu identifizieren. 

Bei einer Lebensmittelallergie reagiert das Immunsystem überempfindlich auf eigentlich harmlose Stoffe. So können beispielsweise Erdnüsse sofort nach dem Verzehr zum Anschwellen des Rachens mit Atemnot führen. Bei Allergien werden Antikörper gebildet, die im Blut nachweisbar sind.

Auch das Fehlen von Enzymen kann zur Entstehung von Verdauungsproblemen führen. Bei der Laktoseintoleranz kann der Milchzucker im Darm nicht aufgespalten werden. Stattdessen wird die Laktose von Darmbakterien verstoffwechselt. Dabei entstehen Gase, die auch die Beschwerden verursachen. Bei der Fruktose-Malabsorption kann Fruktose aus dem Darm nicht ins Blut aufgenommen werden, was ebenfalls zu Blähungen und Stuhlunregelmäßigkeiten führt. Viele Patienten mit Fruktoseunverträglichkeit vertragen auch kein Sorbit.

Immer mehr Menschen leidern an einer sogenannten Gluten-Sensitivität. Hier reagiert der Körper auf das Klebereiweiß Gluten, welches in heimischen Getreiden vorkommt. Beim Verzehr von Brot und Backwaren kommt es zu Verdauungsproblemen. Ähnlich Symptome treten bei der Zöliakie auf. Der Körper bildet Antikörper gegen das Klebereiweiß Gluten in heimischen Getreiden. Im weiteren Verlauf der Erkrankung kommt es zu einer chronischen Entzündung der Darmschleimhaut.

Bei Histamin-Intoleranz kann das Eiweiß Histamin im Darm nicht vollständig bzw. nur verlangsamt abgebaut werden. Neben Verdauungsbeschwerden können  Juckreiz, Kopfschmerzen oder Atembeschwerden auftreten.